Министерство (Заказчик) и Общество (ОАО) (Подрядчик) заключили госконтракт на выполнение опытно-конструкторских работ. Сторонами в госконтракте было предусмотрено условие о начислении неустойки за каждый день просрочки исполнения ОАО принятых на себя обязательств. В предусмотренный госконтрактом срок Подрядчик работы не выполнил. Через некоторое время (примерно 4 месяца) Заказчик направил Подрядчику претензию с требованием уплаты неустойки. Подрядчик набежавшую на день получения претензии пеню уплатил.

Затем, через некоторый период времени (примерно полгода), стороны заключили дополнительное соглашение к госконтракту, продлив срок выполнения работ более, чем на год. В соответствии с условиями дополнительного соглашения, оно стало неотъемлемой частью госконтракта и вступило в силу с момента его подписания. Условия госконтракта о применении неустойки в случае просрочки исполнения обязательств сторонами в допсоглашении изменены не были. 

Впоследствии Министерство обратилось в арбитражный суд с иском о взыскании неустойки за большой период времени. Арбитражный суд 1-ой инстанции в иске отказал. С этим решением согласились суды апелляционной и кассационной инстанций. Дело по кассации было рассмотрено в Верховном суде РФ. ВС РФ указал (определение № 305-ЭС17-6839 от 31.08.2017 по делу № А40-14774/2016), что выводы судов о неприменении к ответчику меры ответственности в виде неустойки в связи с заключением сторонами допсоглашения, не соответствуют положениям ч.3 ст.453 Гражданского кодекса РФ. Доводы ответчика со ссылкой на заключение допсоглашения на условиях о неприменении к нему неустойки, не могут быть признаны обоснованными, поскольку это не следует из его содержания. 

Для справки:

В случае изменения договора обязательства считаются изменёнными с момента заключения соглашения сторон об изменении, если иное не вытекает из соглашения или характера изменения договора (ч.3 ст.453 ГК РФ). 

ВС РФ отметил, что неустойка за просрочку исполнения работ может быть взыскана до дня заключения допсоглашения о новом сроке исполнения работ. ВС РФ отменил решения судов нижестоящих инстанций и отправил дело на новое рассмотрение в суд 1-й инстанции.